در ایران انجمن علمی انفورماتیک پزشکی بر اساس مجوز شماره 5/4265/آ به تاریخ هفتم خرداد 1392 به مسئولیت آقای دکتر حمید مقدسی عضو هیأت علمی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی به عنوان رئیس انجمن رسماً تأسیس شد و آغاز به کار نمود و در سال 1398 با انتخابات مجدد، هیأت مدیره جدید این انجمن امور را عهده دار شده و ادامه دادند.
علاوه بر ثبت انجمن در کمیسیون انجمن های علمی وبدا، در تاریخ 1398/2/18 انجمن علمی انفورماتیک پزشکی ایران به شماره 47137 و به شناسه ملی 14008317518 به عنوان یک مؤسسه غیر تجاری غیردولتی نیز در اداره ثبت شرکتها و مؤسسات تجاری، تحت نظارت سازمان ثبت اسناد و املاک کشور ثبت گردیده است.